由於水晶就好像吸塵機一樣，將大自然的不潔吸走，所以隔了一段時間後，水晶就會失去其功效，變為一般的擺設裝飾。而它的蘊含的能量亦會慢慢消失。
這個時候，我們就要利用一些方法，將水晶內的不潔洗淨，令它回復正常的效果，淨化水晶的方法有很多，對於初學者或沒有時間的人來說，最簡單的方法就是把要淨化的水晶浸於清水中，如可以的話，在清水中放置一些粗鹽，浸二十四小時後用乾布把它抹淨，再讓它自然風乾，這樣便可以再用了。
對水晶有研究的人，又或者你是甚為講究的人，還有以下的方法去淨化水晶，手續會繁複很多，此即是茶道一樣道理。
家父對茶道甚有研究，他每天起床後會用上兩小時的時間，用五十種以上不同的用具和器皿去泡一壼茶〈請留意，是一壼茶，不是一壼茶膽，是只有數杯便喝完那一種，不是足夠你喝一天的茶膽〉，這就是嗜好的藝術。如果你有時間的話，不妨依下列的方法去潔淨水晶：
方法一：將晶石埋於天然純海鹽之中，（6至8小時），再以清水沖洗數分鍾即可。
方法二：將晶石埋於天然溪澗旁的泥土裡（或雪地裡更佳）至少24小時再以流水沖洗。
方法三：將晶石放在白晶簇上面，至少24小時，所有晶石或首飾皆可隨時放在白晶簇上淨化。
方法四：集中念力，引入宇宙之白光，流進晶石之內，沖走所有污氣。使用此方法者，必需曾受訓練。
方法五：將晶石或晶石首飾，放在較大塊的骨幹水晶母體上面，至少24小時。
方法六：藉著激光柱的強勁能量，將存留晶石內的雜氣驅散。使用此方法者，可能會耗洩自己一點能量。但有靜坐習慣的人仕，則不受影嚮。